Le viene su nombre de una de las puertas con que contaban las murallas que cercaban la ciudad. Realmente existían dos puertas que daban al mar y que, por lo tanto, eran conocidas por este nombre. Una, normalmente estaba cerrada, cercana a Herrería del Rey. Se reformó dicha puerta, en 1661, para que por ella entrase el príncipe, hijo de Felipe IV, que vino a Málaga a curarse de unas fiebres que padecía.

En 1656 se edificó una cárcel y una capilla sobre la misma puerta. En el siglo XVIII, en la torre de Puerta del Mar había una campana a la que se llamaba “Espantaperros” y que avisaba del avistamiento de piratas moros.