El primer equipo de fútbol de la ciudad, el Málaga Foot-Ball Club, fue fundado en 1904. No era más que una sociedad con la que se dio a conocer. Entre los primeros rivales se encontraban equipos formados por tripulantes de barcos extranjeros que atracaban en el puerto. En 1907, otro intento de popularizar el balompié en la ciudad fue llevado a cabo por el Málaga Club de Fútbol, denominación que coincide con la del equipo actual.En 1912 nació el F.C. Malagueño, una escisión de este equipo se convierte en 1915 el nuevo Málaga F.C. y nace una gran rivalidad entre ambos equipos. En 1917 el Málaga F.C. se fusiona con el Racing creándo el Málaga Racing.
Tras dos años sin fútbol, desde 1919 hasta 1921, el Málaga F.C. renace. Dos años más tarde, en 1923 una escisión del Málaga F.C. se fusiona con el Victoria Balompié, España y Atlóntida y da lugar al Malagueño F.C.. De 1923 a 1933 existiá una gran rivalidad en la ciudad entre el Málaga F.C. y el Malagueño F.C.
Mientras el F.C. Malagueño siempre conservó su nombre, el Málaga F.C. tuvo serios problemas económicos. Fue renombrado Real Málaga F.C. en 1927, tras el ofrecimiento del título real por Alfonso XIII, tuvo que desaparecer en 1930 y volver a aparecer como Málaga Sport Club después de la fusión con el Sporting.
En 1933 Malagueño F.C. y Málaga S.C. se fusionaron, aunque en realidad no fue una fusión real, sino más bien un cambio de denominación del Malagueño, que desde entonces se llamó Club Deportivo Malacitano. Esto fue acordado por ambas partes, pues el Málaga S.C. arrastraba una gran deuda económica, mientras el Malagueño tenía mejor plantilla, y sus jugadores, en caso de que se fundara un nuevo club, hubieran quedado en libertad.
El C.D. Malacitano vistió con camiseta celeste con ribetes blancos y pantalón blanco. Después de la Guerra Civil cambió su indumentaria, vistiendo camiseta blanca y pantalón negro.
En septiembre de 1941, con la inauguración del Estadio La Rosaleda, se decidió cambiar la denominación del club a C.D. Málaga. Aquél día señalado el equipo vistió camisa a rayas celestes y blancas y pantalón negro. Esa misma temporada (1941/42) el Málaga instauró como equipamiento definitiva la camiseta blanquiazul a rayas verticales y pantalón azul, que con distintas tonalidades debidas a la moda de cada época se mantiene hasta hoy.
En 1948, el C.D. Málaga compraba los derechos federativos al C.D. Santo Tomás para convertirlo en su filial, bajo el nombre de Club Atlético Malagueño.
Durante la temporada 1959-60 el C.A. Malagueño y C.D. Málaga se iban a encontrar juntos en la Tercera División de España. Como filial el C.A. Malagueño debería haber sido descendido. Para evitar esto, separaron ambos clubes en la Federación, pudiendo así evitar el descenso.
Agradecimientos:
Alberto Trujillo